Le pouvoir absolu appartient à l'Asemblée Générale qui se réunit une fois par année de manière ordinaire et ceci à Berne.

L'AG élit tout d'abord le comité central ou comité national où sont représentés tous les délégués cantonaux et le comité romand. 15 membres au plus peuvent siéger au comité central dont le président, le vice-président et le secrétaire général.

Le comité romand, composé au plus de 9 membres est également élu par l'AG. Le comité romand a le droit à 2 représentants au comité national.

Enfin, l'AG élit l'organe de révision des comptes, composé de 2 personnes.

Ci-dessous, voici l'organigramme de l'AJIS.